村雲御所とは瑞龍寺（滋賀県近江八幡市）の別名である。その成り立ちは古く、安土桃山時代に豊臣秀吉の姉であり、豊臣秀次の生母である日秀尼が、秀吉に自害させられた秀次公の菩提を弔うため開いた寺院である。
後陽成天皇より嵯峨（京都市）の村雲（現在の二尊院近く）の寺地と『瑞龍寺』を賜ったことから、『瑞龍寺』は、門跡寺院（皇子・貴族などが住む寺院）となる。
瑞龍寺は別名を村雲御所と称し、代々皇女や公家の娘を住職として迎えた。
江戸時代、嵯峨から西陣（堀川今出川付近）に移転するも、天明8年（1788年）天明の大火で全焼し、9世日尊尼は文政7年（1824年）から28年の歳月をかけて再建。
昭和36年（1961年）西陣から、八幡山（近江八幡市）山頂にある八幡城本丸跡地に移転し、現在まで続いている。